El estado de San Luis Potosí cuenta con seis Áreas Naturales Protegidas de jurisdicción federal: Sierra del Abra-Tanchipa y Porción boscosa, que abarca parte del municipio de Aquismón; El Potosí; Gogorrón; Sierra de Álvarez y Sierra la Mojonera, sin embargo, son tierras a las que no se les ha dado la protección necesaria por lo que algunas de ellas se encuentran explotadas por la minería o el turismo.
También existen Áreas Naturales Protegidas de jurisdicción estatal, como: Cuevas de Mantetzulel, el Sótano de las Golondrinas, Sótano de las Huahuas, ubicadas en Aquismón; Cuevas del viento y la fertilidad, Ejido de San Juan de Guadalupe colindante con la capital del estado; Paseo de la presa, Reserva Real de Guadalcázar, Reserva Wirikuta, en el altiplano potosino. Los parques Nacionales así como las áreas naturales del estado como Gogorrón y el Potosino son áreas destinadas a la protección y conservación de las especies naturales.
De acuerdo a la Ley de Protección Ambiental y Equilibrio Ecológico, promueve el desarrollo turístico basado en la explotación de recursos naturales, en lugares que se supondría que tendrían que ser sujetos a protección especial, en el cual no se puede alterar el ecosistema, ya que son frágiles y por eso el decreto de Área Natural protegida, por ser ésta un área de especial valor, el cual es imprescindible cuidar y mantener con la menor alteración posible causada por el hombre, de acuerdo a la publicación especializada Naturaleza, cultura y desarrollo endógeno: Un nuevo paradigma del turismo sustentable.
En la zona protegida del Altiplano, Wirikuta, existe una problemática, dado que una empresa minera pretende explotar las tierras que en el pasado 2011 se declararon zona protegida.
El Reglamento de la Reserva establece que dentro de las más de 140 mil hectáreas del territorio sagrado de Wirikuta están prohibidas las actividades contaminantes. La mega minería es una actividad industrial humana de la más contaminante que existe y quedaría excluida de Wirikuta en base al reglamento de la Reserva.
Este Plan de Manejo, elaborado en conjunto con el pueblo huichol wixarika, establece la protección del agua, tierra, flora y fauna del sitio sagrado y un uso tradicional del suelo. Se prohíbe “verter o descargar contaminantes en el suelo, subsuelo y cualquier clase de cauce, vaso o acuífero; interrumpir, rellenar, desecar o desviar los flujos hidráulicos; así como modificar de forma sustancial el paisaje”. Aun en la zona denominada de Amortiguamiento de Aprovechamiento Especial, en la cual se pretende llevar a cabo explotación minera.
Se anunció el lanzamiento del Proyecto Universo que pretende explotar recursos minerales en 59 mil 678 hectáreas dentro del Área Natural Protegida de Wirikuta, lo que representa el 42.56 por ciento de la superficie total de Wirikuta.
Una de estas áreas es la Sierra de Álvarez, que se encuentra entre la capital del estado y el municipio de Rioverde, la cual es amenazada por la empresa Calidra, que está catalogada como una de las mayores contaminantes del estado de acuerdo a varias asociaciones y grupos pro-ecológicos, quienes impulsaron que la Secretaría de Ecología y Gestión Ambiental revise a fondo las condiciones de operación y contaminación de dicha empresa, además que el turismo ecológico ha dejado de ser responsable y cada vez la contaminación es mayor.
Asimismo, la zona de San Juan de Guadalupe se ha visto amenazada en los últimos años, toda vez el crecimiento de la población y la infraestructura urbana de San Luis Potosí apunta con seguir la tendencia de construcción en las zonas serranas de la capital del Estado, en la zona sur-poniente, un ejemplo es el puente vehicular que se encuentra en el anillo periférico en esa zona, donde no se ha podido concluir por un litigio que mantienen habitantes de San Juan de Guadalupe.